背景 某写字楼工程，地下1层，地上10层，当主体结构已基本完成时，施工企业根据工程实际情况，调整了装修施工组织设计文件，编制了装饰工程施工进度网络计划，经总监理工程师审核批准后组织实施。如下图：在施工...

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某办公楼工程，建筑面积23723m，框架剪力墙结构，地下1层，地上12层。首层高4.8m，标准层高3.6m，顶层房间为有保温层的轻钢龙骨纸面石膏板吊顶。工程结构施工采用外双排落地脚手架，工程于2007年6月15日开工，计划竣工日期为2009年5月1日。事件一：2008年5月20日7时30分左右，因通道和楼层自然采光不足，瓦工陈某不慎从9层未设门槛的管道井竖向洞口处坠落至地下一层混凝土底板上，当场死亡。事件二：顶层吊顶安装石膏板前，施工单位仅对吊顶内管道设备安装申报了隐蔽工程验收，监理工程师提出隐蔽工程申报验收有漏项，应补充验收申报项目。

问题：

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某小区内拟建一座6层普通砖混结构住宅楼，外墙厚370mm，内墙厚240mm，抗震设防烈度7度，某施工单位于2009年5月与建设单位签订了该工程总承包合同，合同工程量清单报价中写明：瓷砖墙面积为1000m，综合单价为110元/m。事件一：现场需安装一台物料提升机解决垂直运输问题，物料提升机运到现场后，项目经理部按照技术人员提供的装配图集组织人员进行安装，安装结束后，现场机务员报请项目经理批准，物料提升机正式投入使用。事件二：现场施工工程中为了材料运输方便，在内墙处留置临时施工洞口，内墙上留直槎，并沿墙高每八皮砖(490mm)设置了2φ6钢筋，钢筋外露长度为500mm。事件三：由于工期紧，装修从顶层向下施工，给排水明装主管（无套管）从首层向上安装，五层卫生间防水施工结束后进行排水主管安装。事件四：施工过程中，建设单位调换了瓷砖的规格型号，经施工单位核算综合单价为150元／m，该分项工程施工完成后，经监理工程师实测确认瓷砖粘贴面积为1200m，但建设单位尚未确认该变更单价，施工单位用挣值法进行了成本分析。备注：BCWS——计划完成工作预算费用；BCWP——已完工作预算费用；ACWP——已完工作实际费用；CV——费用偏差。

问题：

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甲公司投资建设一幢地下一层，地上五层的框架结构商场工程，乙施工企业中标后，双方采用《建设工程施工合同（示范文本）》（GF-1999-0201）签订了合同。合同采用固定总价承包方式，合同工期为405天，并约定提前或逾期竣工的奖罚标准为每天5万元。合同履行中出现了以下事件：事件一：乙方施工至首层框架柱钢筋绑扎时，甲方书面通知将首层及以上各层由原设计层高4.30米变更为4.80米，当日乙方停工，25天后甲方才提供正式变更图纸，工程恢复施工。参考答案及解析复工当日乙方立即提出停窝工损失150万元和顺延工期25天的书面报告及相关索赔资料，但甲方收到后始终未予答复。事件二：在工程装修阶段，乙方收到了经甲方确认的设计变更文件，调整了部分装修材料的品种和档次，乙方在施工完毕三个月后的结算中申报了该项设计变更增加费80万元，但遭到甲方的拒绝。事件三：从甲方下达开工令起至竣工验收合格止，本工程历时425天，甲方以乙方逾期竣工为由从应付款中扣减了违约金100万元，乙方认为逾期竣工的责任在于甲方。

问题：